La obra consta de dos tomos: El ingenioso hidalgo don Quijote de la Mancha (1605) y Segunda parte del ingenioso caballero don Quijote de la Mancha (1615). Posteriormente, la obra ha pasado a conocerse como Don Quijote de la Mancha, en un solo tomo, dividido en dos partes que coinciden con los tomos anteriormente mencionados.
Primera parte
Esta primera parte se divide en 52 capítulos, divididos a su vez en cuatro partes:
- Primera parte (caps. 1-8): Presentación del personaje principal, Alonso Quijano. El autor nos presenta a un cincuentón con el juicio algo distraído por las lecturas de caballerías y con la intención de armarse caballero y salir en busca de aventuras. En su primera salida se suceden tres aventuras: es armado caballero, defiende a Andresillo del maltrato de su amo y proclama la belleza de Dulcinea ante los mercaderes toledanos. Un vecino lo encuentra y lo lleva de regreso a su casa, donde se producirá el escrutinio de su biblioteca por parte del cura y del barbero. En esta primera parte, también, se inicia la segunda salida acompañado de Sancho Panza.
- Segunda parte (caps. 9-14): El narrador dice haber encontrado un manuscrito de Cide Hamete y su intención de continuar esa historia. En esta segunda parte se retoma el combate entre don Quijote y el vizcaíno. También podemos leer la historia intercala de Marcela y Grisóstomo.
- Tercera parte (caps. 15-27): Episodio de los yangüeses. Don Quijote llega a la venta de Juan Palomeque. Aparece otra historia intercalada, la de Cardenio. Y finalmente, aparecen el cura y el barbero con intención de llevar a don Quijote de vuelta a casa.
- Cuarta parte (caps. 28-52): Dorotea finge ser la princesa de Micomicona para sacar a don Quijote de Sierra Morena. Se produce la lectura de El curioso impertinente. También podemos leer el fin de la historia de Cardenio. El autor introduce otra historia intercalada y consiguen llevar a don Quijote a la aldea.
Los seis primeros capítulos y el principio del séptimo según Menéndez Pidal son una imitación del “Entremés de los romances”, cuestión muy discutida en la actualidad ya que muchos críticos no están de acuerdo con esta afirmación. Menéndez Pidal se basa en unas hipotéticas fechas, en las que sitúa esta obra alrededor de 1591, mientras que otros críticos creen que la obra es posterior, y como dato cierto solo tenemos su publicación en 1612 dentro de Las comedias de Lope de Vega.
También, según Menéndez Pidal, se considera que la obra es el resultado de un cambio de estructura en la novela lo que apoyaría la tesis de que Cervantes tenía planeado escribir una “novela ejemplar”.
Segunda parte
Esta segunda parte de El Quijote se escribió 10 años después, en 1615. Hay muchas incógnitas acerca de por qué Cervantes tardó 10 años en volver a escribir la obra. Algunos creen que Avellaneda con su Quijote apócrifo tuvo algo que ver, ya que esta obra se publicó en 1614. Pero es posible que Cervantes hiciera bastante tiempo que ya trabajaba en su obra y este hecho le hiciera acelerar la finalización del libro. Dio muerte a su personaje principal, cerrando así cualquier posibilidad de continuación y haciendo más humano, si es posible, a don Quijote.
A diferencia de la primera parte, en esta, Cervantes ha planificado la obra desde el principio y anuncia el final: el bachiller Sansón Carrasco convertido también en caballero andante tendrá como objetivo persuadir a don Quijote de que una vez derrotado en sus aventuras cumplirá la penitencia de un año de retiro. Será el Caballero de la Blanca Luna quien derrote a don Quijote, y conseguirá así que el protagonista vuelva a su casa. Cuando este recupera la lucidez, muere.
Otra diferencia con la primera parte es la inexistencia de historias intercaladas, ya que Cervantes fue muy criticado por ello, aunque incluye alguna historia que poco tiene que ver con la trama principal, por ejemplo las de Ricote, Ana Félix, etc.
En la segunda parte las aventuras se centran básicamente en el palacio de los duques.
Aparece el tema de la metaliteratura al hacer referencia a El Quijote de Avellaneda. El hidalgo manchego es conocido en todo el mundo, ya que la fama de sus hazañas ha llegado a todos los rincones del país.
Esta segunda parte consta de un prólogo y 74 capítulos, todo el libro gira en torno a la tercera y última salida.